1）分子量小。大豆蛋白质的分子量高达数万或数十万。而大豆低聚肽的分子量平均在500以下。 （2）水溶性好。大豆蛋白溶解度低，而大豆低聚肽有很好的水溶性。水溶性往往决定的营养物质被吸收利用的程度。
（3）热稳定性好。蛋白质遇热变性，而大豆低聚肽对热稳定。因此，可以利用大豆低聚肽加工制作多种形式的食品，不会造成其结构改变。
（4）酸稳定性好。
蛋白质通常具有等电点，一般当pH值在4.5左右，溶液中的蛋白质即会沉淀。大豆低聚肽没有等电点，在pH4.5的酸性条件也不会沉淀。
（5）体外试验证实，大豆低聚肽经胃蛋白酶处理后，95%以上未被消化；经胰蛋白酶处理后，约90%未被消化。这说明大豆低聚肽不再被消化，大部分将以低聚肽的形式吸收。